Jako datę powstania firmy przyjmuje sie rok 1885 kiedy to Albert Boehringer , młodszy syn C.F. Boehringera , założył firmę produkującą kamień winny z drożdży winiarskich, kwas winowy i kwas mlekowy metodą fermentacji. 
Firma Boehringer Ingelheim pomimo, że stała się w ciągu ponad 115 lat swego istnienia światowym koncernem farmaceutycznym, jest dalej prywatną własnością rodzinną i taką zamierza w przyszłości pozostać.

Rodzina Boehringer  zawsze bardzo dbała o swych pracowników. W roku 1902 jako jedna z pierwszych firm w Niemczech i prawdopodobnie również na świecie, utworzyła dla nich Zakładową Kasę Chorych, niedługo potem fundusz pomocy dla emerytowanych robotników oraz fundację pomocy pracownikom niepełnosprawnym. W latach I Wojny światowej produkcja fabryki nastawiona była na preparaty farmaceutyczne: środki uśmierzające ból (laudanon), morfinę, kodeinę naturalną i półsyntetyczną, atropinę, preparaty do leczenia schorzeń serca (Perichol. Ondechol). W latach 1924 -31 zarząd firmy znajdował się w Hamburgu, aby potem znów powrócić do Ingelheim, gdzie ma swą siedzibę do dziś.

Oczywiście rozwijająca się firma i zwiększona produkcja wymagała zatrudnienia coraz większej ilości osób. W roku 1931, kiedy zarząd powrócił do Ingelheim przedsiębiorstwo liczyło 763 pracowników. W drugiej połowie lat trzydziestych fabryka rozpoczęła produkcję Lobeliny Ingelheim - środka poprawiającego oddychanie. Jest to początek związków firmy z pulmonologią - jedną z tych dziedzin medycyny, gdzie preparaty firmy do dziś stanowią podstawę leczenia chorych. W tym czasie w fabryce zatrudnionych było 1200 pracowników.

Lata II Wojny światowej ograniczyły zatrudnienie, ale już w latach 50. fabryka jest dwa razy większa niż w roku 1939. Rozwija się produkcja preparatów wspomagających oddychanie zarówno w astmie (Aludrina, Alupent) jak innych chorobach przebiegających z obturacją oskrzeli. Wytwarzane są leki przeciw niemiarowości serca, leki rozkurczowe, obniżające ciśnienie krwi i inne. Firma produkuje środki chemiczne o wysokiej czystości oraz preparaty dla przemysłu spożywczego. Dzięki rozwojowi produkcji i umiejscowieniu jej w różnych państwach firma Boehringer Ingelheim staje się firmą o zasięgu światowym. Badania naukowe zaczynają stanowić znaczącą dziedzinę działalności firmy.
100-lecie firmy w roku 1985 obchodziło jej 22 500 pracowników na całym świecie.

W latach 90. obserwuje się dalszy, szybki rozwój firmy oraz jej modernizację. Zmiany polegają na uporządkowaniu produkcji w sensie skupienia się na kilku najbardziej znaczących dziedzinach, położeniu nacisku na rozwój biotechnologii oraz intensywnych badaniach naukowych.

W roku 2008 firma zatrudniała 41 300  pracowników.

W ostatnich latach:
- Firma Boehringer Ingelheim stała się jedną z czołowych, nie- rodzimych, firm działających w USA i Japonii

- Linia leków szpitalnych nabrała nowego znaczenia po zakupie przez Boehringer Ingelheim Ben Venue Laboratories w USA

- Podjęto współpracę w zakresie marketingu  i sprzedaży z innymi wiodącymi firmami jak Genetech, Abbott Laboratories, GlaxoSmithKline, Pfizer i Eli Lilly.