Bakteria ta występuje endemicznie w większości stad świń na całym świecie. Zakażenie prowadzi do zaniku funkcji nabłonka rzęskowego tchawicy i oskrzeli oraz wpływa na miejscowy układ immunologiczny płuc, co ułatwia wtórne zakażenie innymi patogenami układu oddechowego, np. Pasteurella multocida. Chorobę kliniczną będącą wynikiem zakażenia M.hyo oraz wtórnych zakażeń określa się jako enzootyczne zapalenie płuc (EZP). Typowymi objawami klinicznymi są przewlekły, suchy kaszel i zmniejszenie średniego dobowego przyrostu masy, najczęściej stwierdzane u świń w wieku 2-6 miesięcy. Zwiększenie strat jest zauważalne wyłącznie w ciężkich przypadkach. Moment pojawienia się choroby zależy od wielu czynników, takich jak liczba i wirulencja bakterii M.hyo, zakażenia wtórne, warunki klimatyczne i obecność innych schorzeń.

Chorobę kliniczną można leczyć antybiotykami, które pomagają w opanowaniu objawów, jednak istniejące zmiany nie wygoją się. Uważa się, że jedyną skuteczną metodą ograniczenia konsekwencji ekonomicznych schorzenia jest profilaktyka. w profilaktyce enzootycznego zapalenia płuc istotną rolę odgrywa szczepienie przeciwko Mycoplasma hyopneumoniae, obok optymalizacji warunków w pomieszczeniach inwentarskich oraz poprawy zarządzania stadem i higieny.